事业单位内部劳动合同制和编制，有以下主要区别区别：

1，工资开支来源：正式编制人员工资由财政拨款解决，合同制人员工资由单位预算外收入中解决。

2，福利待遇：正式编制人员的福利待遇按政策规定及上级部门规定执行，合同制人员参照正式编人员标准执行，但实际上低很多或缺项。

3，正式编人员可以在事业单位之间调动，合同制人员不能。

4，正式编制人员可以提任副科级职务，合同制人员不可以。

事业单位聘任制干部是没有编制的，类似于合同制职工，但福利待遇肯定是按照事业单位的，如果是公务员单位里的聘任制，如法院的聘任制书记员职位，那是按照公务员的待遇。